杨焕明院士和他的团队为“人类基因组计划”、“人类单体型图计划”、 “千人基因组计划”等国际合作的基因组计划以及第一个亚洲人基因组、人类泛基因组学、古人类基因组、肠道Meta基因组、癌症基因组、外显子组和甲基化组的研究做出了重大贡献。

       杨院士还因研究SARS病因涉足城市科学，率先提出“健康生态城镇”的概念並致力于这方面的探索。 

       曾获多项荣誉及奖项，包括2002年美国《科学的美国人》杂志“2002年世界科学领袖”、2006年发展中国家科学院（TWAS）生物奖、2009年丹麦奥胡斯大学及香港中文大学荣誉博士、2010年人类基因组组织（HUGO）卓越科学成就奖。

       2006年当选为欧洲分子生物学组度国家科学院外籍院士，后又当选德国国家科学院外籍院士及美国科学院外籍院士。同时任职于中国及国际多个生命伦理组织机构，包括联合国人权事务高级专员事务处，世界卫生组织（WHO），UNESCO政府生命伦理委员会以及美国总统委员会生命伦理国际研究小组。